当借款合同被认定无效后，通常按以下方式处理：
其一，返还财产。合同无效后，借款人应向出借人返还所借款项本金。因为合同自始没有法律效力，借款人基于无效合同取得的借款没有合法依据，应当予以返还。
其二，赔偿损失。若因一方过错导致合同无效，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。比如，出借人明知借款人借款用于非法活动仍出借资金，导致合同无效，出借人对合同无效存在过错，需对借款人因此产生的合理损失承担赔偿责任;双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
其三，收缴财产。若借款合同是因双方恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益等法定情形而无效，法院可依法收缴双方取得的财产，收归国家、集体所有或者返还第三人。
总之，借款合同无效后，要根据具体情况，遵循相关法律规定进行妥善处理。